Han pasado dos años. Con la destrucción de la Allspark, Cybertron, el planeta donde vivían los Transformers, se ha vuelto inhabitable, y los Autobots sobreviven en la Tierra, trabajando con el ejército en un equipo secreto llamado NEST, cuya finalidad es atrapar a todo Decepticon que pueda seguir escondido en la Tierra. Sam de pronto tiene visiones que chispean como rayos por su cerebro: sólo él tiene la clave de un gran poder. Con la ayuda de los Autobots, Sam y Mikaela tendrán que descubrir la historia de los Transformers en la Tierra, y cómo salvarla de esta amenaza.